«Y un martes, veinte y cinco de septiembre de aquel año de mill e quinientos y trece, a las diez horas del día, yendo el capitán Vasco Núñez en la delantera de todos los que llevaba por un monte raso arriba, vido desde encima de la cumbre dél la mar del Sur…»
(González Fernández de Oviedo)
Ningún europeo había surcado las aguas de la Mar del Sur ni antes ni después de su avistamiento por Vasco Núñez de Balboa. Encontrado el deseado paso entre el Océano Atlántico y la Mar del Sur, Magallanes y su menguada armada de tres naos (la Trinidad, la Victoria y la Concepción), una vez doblan el Cabo Deseado, comienzan una de las más duras, largas y terribles travesías afrontadas por el ser humano. En la profunda convicción de que la esfera terrestre es más pequeña de lo que en realidad es, e ignorando que la distancia que les separa de las Molucas es igual a la que se encuentran de España, se adentran en la Mar del Sur, que pronto llaman Océano Pacífico al no encontrar tormenta alguna. Arrumban al noroeste para alejarse del frío austral siendo prácticamente arrastrados por la corriente de Humboldt o del Perú que, en ausencia de vientos, se convierte en el principal propulsor de la flota.
Pero los días van sucediéndose sin que avisten ni el más mínimo indicio de tierra, pasando próximos a islas que ni si quieran ven. Pronto se agotan las pocas provisiones frescas de las que han podido pertrecharse en la Tierra del Fuego y han de echar mano de las que les quedan. Narra Pigafetta que deben comer la mazamorra hecha no ya de galleta, sino de su polvo con los gusanos a puñados y un insoportable olor a orines de ratas. Comer incluso el cuero que protege del roce de los palos a las jarcias; lo ponen a remojo de agua de mar durante cuatro o cinco días y después un poco sobre las brasas, pero esto es incluso mejor que el serrín, al que tampoco hacen ascos. Las ratas se pagan a medio ducado y el agua se bebe amarillenta, putrefacta ya de muchos días.
A muchos hombres les aparece una terrible enfermedad: les crecen las encías sobre los dientes, no pudiendo ingerir alimento alguno (el temido escorbuto), y a otros se les llagan diferentes partes del cuerpo. Mueren veintiún hombres y otros treinta enferman. Pero siguen navegando hacia el Mistral, a pesar de que las agujas sufren desvíos anormales que deben corregir constantemente y haciendo uso de las constelaciones que se avistan en el hemisferio austral (la Cruz del Sur, la principal). Pasan junto a dos islas que llaman Islas Infortunadas (se desconoce qué islas fueron) ya que no pueden fondear en ellas debido a la gran profundidad, siendo imposible aprovisionarse.
Siguen navegando al noroeste hasta que tres meses y veinte días después de haber salido del Estrecho Patagónico, el 6 de marzo de 1521, avistan unas islas del que, posteriormente, fue llamado Archipiélago de Las Marianas en honor a la reina española Mariana de Austria. Una de ellas es la isla de Guam, que es en la que primero recalan y donde pueden aprovisionarse, sobre todo de fruta fresca y agua, lo cual alivia mucho a los hombres enfermos. A estas islas las llaman Islas de los Ladrones porque los nativos acceden a las naos a bordo de sus ágiles lanchas haciéndose con cuanto les llama la atención.
El almirante dispone que deben seguir navegando hacia el poniente y así es cómo, unos días más tarde, arriban a la isla de Zamal (Samar), primera de las islas del Archipiélago de Filipinas avistada por la Armada de las Especias. La penosa travesía del Océano Pacífico ha finalizado y Magallanes, viendo que los hombres que salen al encuentro de la flota son razonables y corteses, decide explorarlas y cartografiarlas. En realidad, se encuentran mucho más al norte de su objetivo, las Molucas, pero entre las Capitulaciones de Valladolid firmadas por el rey Carlos figura un sistema de señorío sobre las nuevas tierras descubiertas, por lo que tomar posesión de estos nuevos territorios en nombre de la Corona seguro que le reportará beneficio.
Las Capitulaciones de Valladolid se firman el 22 de marzo de 1518. Este contrato adjudica a Magallanes el monopolio de la ruta durante diez años, la potestad de nombrar gobernadores en las tierras que fueran descubiertas y un cinco por ciento de las ganancias del primer viaje.
