La Formación Profesional de grado superior, en el ámbito náutico, se imparte en la Nauticopesquera, en el Dique del Oeste, junto al castillo de San Carlos, donde los alumnos se preparan para ser patrones de altura o mecánicos navales, las dos ramas principales de los estudios en esta escuela de referencia y gran prestigio. 

La Nauticopesquera, formalmente «Centro Integrado de Formación Profesional Nauticopesquera», está dirigida desde 2010 por el oficial de máquinas Toni Mulet y el ingeniero Felipe Esteve, que es su jefe de estudios desde 2008. Ambos llevan el rumbo de este centro de Formación Profesional de ciclo superior que ya ha superado los dos siglos de existencia. Además de la formación de los jóvenes, también imparte estudios específicos para los profesionales ya embarcados, como los cursos de formación básica (marinero), de puente, contraincendios o de supervivencia en el mar. 
En la escuela la formación teórica es de un nivel medio-alto, ya que el objetivo final, ser patrón de un barco o jefe de una sala de máquinas, es un trabajo de gran responsabilidad.
El director de la escuela, Toni Mulet, explica que el centro se ha adaptado a las nuevas tecnologías y disponen de equipos de docencia de mucho nivel. «Tenemos simuladores de puente y de sala de máquinas, lo que nos permite reproducir cualquier situación que se pueda vivir en un buque. De este modo, los alumnos sabrán responder ante incidencias de navegación o técnicas que pueden, con una buena resolución, salvar vidas o buques», señala Toni Mulet.
El director de la Nauticopesquera asegura, en relación con las prácticas que se realizan con diferentes empresas en la industria, que «la colaboración constante con Astilleros de Mallorca y otras empresas más pequeñas del sector es vital para que los alumnos puedan tocar con las manos talleres reales, herramientas y equipos que tienen esas grandes empresas y que una escuela no podría nunca comprar o mantener» 
El jefe de estudios de la Escuela Nauticopesquera, Felipe Esteve, señala por su parte que «en Astilleros de Mallorca también nos proveen de motores, generadores o hélices y equipos que han reemplazado y que luego aquí montamos y desmontamos una y otra vez con los alumnos». Incluso profesorado del centro, entre los que se incluye el mismo, viene realizando estancias durante los últimos tres años en empresas de Mallorca para conocer de primera mano técnicas y procesos nuevos en el sector de la reparación, mantenimiento y refit de grandes yates.
Felipe Esteve se muestra optimista con el futuro de la profesión al afirmar que «el sector náutico funciona muy bien en las islas y da trabajo a miles de personas, por lo que formar a los jóvenes para entrar en ese sector es vital. Nuestra escuela ha funcionado durante más de dos siglos y sin duda tenemos trabajo de formación técnica por delante para muchos años más. Los avances en la tecnología en la propulsión, la electrónica y la eficiencia energética están en constante y rápida evolución, por lo que nosotros tenemos el deber de estudiar y enseñar cada nueva técnica a los futuros patrones y mecánicos. Hay un gran pasado en la navegación y la formación, al menos 220 años, aunque también tenemos, sin duda, un gran futuro por delante».